Bardzo istotne w firmie handlowej jest fakturowanie szczególnie, jeśli firma posiada oddzielnie biuro sprzedaży i oddzielnie magazyny. W magazynach fakturowanie dotyczy towaru przyjmowanego od kontrahentów, zaś w dziale sprzedaży, sprzedaż towarów klientowi. W fakturowaniu przydatne okazują się programy specjalnie przeznaczone do tego celu, choć wiele programów do zarządzania posiada moduły niezbędne do fakturowania.
Z oprogramowaniem wystawianie faktur wydaje się łatwiejsze. Z kilku względów. Po pierwsze zyskujemy na czasie, ponieważ nie musimy ręcznie wypisywać danych klienta, lub towaru, który został zakupiony, z czym schodzi się dużo czasu szczególnie, jeśli faktura posiada wiele pozycji z towarem. W bardzo łatwy i szybki sposób możemy pobrać zarówno odbiorcę, jeśli wcześniej dokonywał u nas zakupu, jak i towary, jeśli mamy je na stanie, z bazy danych programu. Dzięki temu wiemy, że nie tylko nie popełniliśmy błędu, ale wiemy także, ile danego towaru mamy na stanie oraz wiemy, że końcowa kwota została prawidłowo obliczona. Przy wielu pozycjach wypełnianej faktury ręcznej bardzo łatwo jest się pomylić w obliczeniach, tym bardziej, jeśli goni nasz czas. Ponadto, nie musimy martwić się o numerację dokumentów, gdyż program robi to za nas.